Ενώ η χρήση των φωτοβολταϊκών συνεχώς αυξάνεται, ένας άλλος κίνδυνος φαίνεται ότι υπάρχει. Το 2050 αναμένεται να φτάσουν στο τέλος της ζωής τους 78 εκατομμύρια τόνοι φωτοβολταϊκών παγκοσμίως. Θα παράγονται 6 εκατομμύρια τόνοι αποβλήτων ετησίως. Αυτά θα προστεθούν στα υπόλοιπα ηλεκτρονικά απόβλητα που παράγονται ήδη. Είναι πιθανό να φτάσουν να είναι το 10% των ηλεκτρονικών αποβλήτων σε σχέση με το ρεκόρ του 2014 (41.8 εκατ. τόνοι ηλεκτρονικών αποβλήτων)

Οι συνηθισμένοι όμως μέθοδοι ανακύκλωσης ηλεκτρονικών αποβλήτων, δεν είναι επαρκείς στην περίπτωση των φωτοβολταϊκών. Η ανάκτηση των πιο χρήσιμων υλικών από ένα ηλιακό πάνελ (π.χ. ασήμι και πυρίτιο) θέλει ειδικές μεθόδους.

Αν δεν βρεθούν οι κατάλληλες λύσεις, ταυτόχρονα με πολιτικές που θα τις επιβάλουν σε μεγάλη κλίμακα, τότε θα υπάρχει μεγάλο πρόβλημα. Τεράστιες ποσότητες αυτών των υλικών θα βρεθούν στις χωματερές.

Τα φωτοβολταϊκά περιέχουν και τοξικά υλικά, όπως μόλυβδο. Αν βρεθούν στις χωματερές, ο περιβαλλοντικός κίνδυνος είναι πολύ μεγάλος.

Οι κατασκευαστές φωτοβολταϊκών ισχυρίζονται ότι ο χρόνος ζωής τους είναι περίπου 25 χρόνια. Αυτό σημαίνει ότι δεδομένου ότι η ευρεία χρήση τους άρχισε στις αρχές της δεκαετίας του 2000, αρχίζουν να εμφανίζονται ήδη τα πρώτα απόβλητα. Άλλα από καταστροφές (π.χ. από καταιγίδες), αλλά γιατί εμφανίζουν κάποιο πρόβλημα, άλλα γιατί αντικαθίστανται από νεώτερης τεχνολογίας.

Στην ΕΕ υπάρχει μια ντιρεκτίβα που καθιστά υπεύθυνους τους κατασκευαστές ηλιακών πάνελ, για την καταστροφή και ανακύκλωση των υλικών. Ιαπωνία, Ινδία και Αυστραλία έχουν ξεκινήσει τις διαδικασίες να δημιουργήσουν αντίστοιχη νομοθεσία. Στις ΗΠΑ αντιθέτως δεν υπάρχει τίποτα (με εξαίρεση την πολιτεία της Washington).

Μόλις το 10% των φωτοβολταϊκών ανακυκλώνεται στις ΗΠΑ. Τα υπόλοιπα απόβλητα καταλήγουν στις χωματερές ή εξάγονται για επαναχρησιμοποίηση σε αναπτυσσόμενες χώρες, με προβληματική περιβαλλοντική προστασία.

Ακόμη όμως κι όταν γίνεται ανακύκλωση, αυτή δεν είναι τέλεια. Υπάρχει ακόμη μεγάλο περιθώριο βελτίωσης.

Στις ΗΠΑ η ανακύκλωση ενός πάνελ στοιχίζει γύρω στα 12 με 25 δολάρια (συν τα μεταφορικά που μπορεί να είναι άλλα τόσα). Την ίδια στιγμή το κόστος για να το πετάξουν στην χωματερή είναι λιγότερο από ένα δολάριο.

Αν η ανακύκλωση καταφέρει να εξάγει όσο γίνεται σε καλύτερη ποιότητα τα χρήσιμα υλικά (ασήμι, πυρίτιο), τότε μπορεί να μειωθεί το κόστος. Μέχρι στιγμής υπάρχουν τεχνολογίες που εξάγουν τα αρχικά υλικά στο 95%.

Προσπάθειες γίνονται και για την επαναχρησιμοποίηση των πάνελ, που μπορούν να προσφέρουν μεγαλύτερο κέρδος από την διαδικασία της ανακύκλωσης. Τέτοιες προσπάθειες γίνονται στην ΕΕ. Για παράδειγμα με την επαναχρησιμοποίηση φωτοβολταϊκών από ηλιακά πάρκα, σε σταθμούς φόρτισης ηλεκτρικών ποδηλάτων ή σε σπίτια.

Υπάρχει όμως πάντα ο κίνδυνος, οι εταιρείες ανακύκλωσης απλά να πουλάνε τα πάνελ σε αναπτυσσόμενες χώρες. Οπότε το πρόβλημα φεύγει από τις ισχυρές οικονομικά χώρες και πάει στις φτωχές, όπου έχουν και πολύ λιγότερες δυνατότητες να το διαχειριστούν.